COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-06 17:00:00 24.940595 24.940595 22.040996
2021-04-05 17:00:00 28.501281 22.449849 22.047278
2021-04-04 17:00:00 21.371322 21.371322 21.964113
2021-04-03 17:00:00 20.667230 20.667230 21.883170
2021-04-02 17:00:00 21.055057 21.055057 21.817111
2021-04-01 17:00:00 23.412765 23.412765 21.702504
2021-03-31 17:00:00 22.449849 22.449849 21.515381

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-06 17:00:00 11.959288 2.872861 13.662231
2021-04-05 17:00:00 20.000000 1.168512 14.286130
2021-04-04 17:00:00 26.937269 26.937269 14.866484
2021-04-03 17:00:00 12.661790 12.661790 15.495546
2021-04-02 17:00:00 21.632653 21.632653 16.218360
2021-04-01 17:00:00 19.710145 19.710145 16.462996
2021-03-31 17:00:00 19.076549 19.076549 16.630812

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-06 17:00:00 10.659898 3.602058 16.712299
2021-04-05 17:00:00 9.248555 2.816901 17.580344
2021-04-04 17:00:00 23.611111 23.611111 18.559737
2021-04-03 17:00:00 15.719064 15.719064 19.345277
2021-04-02 17:00:00 23.748212 23.748212 20.020142
2021-04-01 17:00:00 27.675841 27.675841 20.465074
2021-03-31 17:00:00 24.587459 24.587459 20.840999

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-06 17:00:00 15.449011 15.449011 14.463202
2021-04-05 17:00:00 16.402998 16.402998 13.865230
2021-04-04 17:00:00 20.118110 20.118110 13.817349
2021-04-03 17:00:00 12.434083 12.434083 13.808093
2021-04-02 17:00:00 13.255416 13.255416 13.730556
2021-04-01 17:00:00 14.277899 14.277899 13.722254
2021-03-31 17:00:00 12.192551 12.192551 13.619142

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-06 17:00:00 19.715684 15.728716 15.643391
2021-04-05 17:00:00 23.790013 23.790013 15.542526
2021-04-04 17:00:00 14.183764 14.183764 15.437539
2021-04-03 17:00:00 15.926767 15.926767 15.306335
2021-04-02 17:00:00 15.213372 15.213372 15.205139
2021-04-01 17:00:00 15.429821 15.429821 15.085022
2021-03-31 17:00:00 17.536534 17.536534 14.857101

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-06 17:00:00 60.706063 43.465832 44.139750
2021-04-05 17:00:00 83.688341 42.463026 45.508470
2021-04-04 17:00:00 44.293903 44.293903 46.034036
2021-04-03 17:00:00 50.881684 50.881684 46.339162
2021-04-02 17:00:00 47.780679 47.780679 46.824621
2021-04-01 17:00:00 47.170795 47.170795 46.835248
2021-03-31 17:00:00 34.935522 34.935522 46.477767

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-06 17:00:00 12.909836 2.323009 14.458772
2021-04-05 17:00:00 15.527950 15.527950 15.132688
2021-04-04 17:00:00 15.666514 15.666514 15.629064
2021-04-03 17:00:00 14.932276 14.932276 16.141068
2021-04-02 17:00:00 16.239316 16.239316 16.830404
2021-04-01 17:00:00 18.997361 18.997361 17.530922
2021-03-31 17:00:00 18.543046 18.543046 17.954917

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-06 17:00:00 20.599595 5.843986 8.073625
2021-04-05 17:00:00 24.310433 7.412244 8.110360
2021-04-04 17:00:00 7.798658 7.798658 8.305504
2021-04-03 17:00:00 7.710490 7.710490 8.438038
2021-04-02 17:00:00 10.559348 10.559348 8.565801
2021-04-01 17:00:00 9.579902 9.579902 8.693676
2021-03-31 17:00:00 9.402424 9.402424 8.752115

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-06 17:00:00 17.159763 42.998028 19.894055
2021-04-05 17:00:00 26.070039 26.070039 18.987358
2021-04-04 17:00:00 18.873110 18.873110 18.629833
2021-04-03 17:00:00 18.088871 18.088871 18.328856
2021-04-02 17:00:00 18.266254 18.266254 18.022058
2021-04-01 17:00:00 21.933889 14.210689 17.800589
2021-03-31 17:00:00 13.841706 13.841706 17.543996

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-06 17:00:00 36.406926 37.026389 35.718328
2021-04-05 17:00:00 27.401130 27.401130 37.001689
2021-04-04 17:00:00 35.597440 35.597440 37.070262
2021-04-03 17:00:00 37.420757 37.420757 37.271041
2021-04-02 17:00:00 34.953437 34.953437 37.457681
2021-04-01 17:00:00 34.865453 34.865453 37.551759
2021-03-31 17:00:00 35.458633 35.458633 37.444334

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-06 17:00:00 20.820189 2.298851 15.145073
2021-04-05 17:00:00 10.520231 10.520231 15.024664
2021-04-04 17:00:00 17.468902 17.468902 15.489254
2021-04-03 17:00:00 19.449110 19.449110 16.093614
2021-04-02 17:00:00 21.563432 21.563432 16.632804
2021-04-01 17:00:00 17.613020 17.613020 17.024163
2021-03-31 17:00:00 23.377752 23.377752 17.379202

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-06 17:00:00 0.000000 0.000000 4.794888
2021-04-05 17:00:00 6.040268 3.501946 4.722433
2021-04-04 17:00:00 7.259528 7.259528 4.778053
2021-04-03 17:00:00 5.871886 5.871886 4.936118
2021-04-02 17:00:00 9.717314 9.717314 5.090781
2021-04-01 17:00:00 7.003891 7.003891 5.042526
2021-03-31 17:00:00 3.074141 3.074141 5.046566

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-06 17:00:00 7.113821 7.113821 9.423971
2021-04-05 17:00:00 14.678899 14.678899 8.820480
2021-04-04 17:00:00 10.175879 10.175879 8.639760
2021-04-03 17:00:00 11.310452 11.310452 8.328908
2021-04-02 17:00:00 9.109449 9.109449 8.297302
2021-04-01 17:00:00 7.563025 7.563025 8.190663
2021-03-31 17:00:00 8.146640 8.146640 8.167224

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-06 17:00:00 13.265306 13.265306 40.355139
2021-04-05 17:00:00 24.096386 24.096386 41.110608
2021-04-04 17:00:00 47.206704 47.206704 41.829606
2021-04-03 17:00:00 38.837920 38.837920 43.166319
2021-04-02 17:00:00 42.696629 42.696629 44.546013
2021-04-01 17:00:00 54.054054 54.054054 46.049203
2021-03-31 17:00:00 52.380952 52.380952 47.901206

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-06 17:00:00 26.817753 10.580565 20.204905
2021-04-05 17:00:00 36.265223 10.097965 21.057725
2021-04-04 17:00:00 25.145580 25.145580 21.741518
2021-04-03 17:00:00 23.169935 23.169935 22.497200
2021-04-02 17:00:00 24.390857 24.390857 23.152725
2021-04-01 17:00:00 27.624546 27.624546 23.670577
2021-03-31 17:00:00 25.169770 25.169770 24.277239

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-06 17:00:00 30.429212 114.990391 47.429804
2021-04-05 17:00:00 31.903864 31.903864 46.528759
2021-04-04 17:00:00 67.889908 67.889908 46.724742
2021-04-03 17:00:00 53.846154 53.846154 45.780840
2021-04-02 17:00:00 37.150127 37.150127 44.852601
2021-04-01 17:00:00 46.323817 46.323817 44.112466
2021-03-31 17:00:00 36.488748 36.488748 42.876874

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-06 17:00:00 8.437706 3.583427 8.575689
2021-04-05 17:00:00 14.246725 7.341772 8.828686
2021-04-04 17:00:00 9.085795 9.085795 9.029118
2021-04-03 17:00:00 8.721085 8.721085 9.302412
2021-04-02 17:00:00 12.327339 12.327339 9.442944
2021-04-01 17:00:00 9.244140 9.244140 9.576904
2021-03-31 17:00:00 12.371134 12.371134 9.578022

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-06 17:00:00 54.947368 54.947368 52.468161
2021-04-05 17:00:00 55.090909 55.090909 46.180008
2021-04-04 17:00:00 63.397876 63.397876 40.549765
2021-04-03 17:00:00 57.843697 57.843697 35.905635
2021-04-02 17:00:00 64.079706 64.079706 31.467181
2021-04-01 17:00:00 60.471698 42.877358 27.815058
2021-03-31 17:00:00 57.610193 31.060606 24.799350

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-06 17:00:00 21.554437 15.845700 15.918597
2021-04-05 17:00:00 21.946309 21.946309 15.423789
2021-04-04 17:00:00 18.644651 18.644651 15.190832
2021-04-03 17:00:00 14.300971 14.300971 14.931308
2021-04-02 17:00:00 14.523557 14.523557 14.707169
2021-04-01 17:00:00 14.721545 14.721545 14.517156
2021-03-31 17:00:00 14.959634 14.959634 14.231485

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-06 17:00:00 23.102310 9.628611 17.401166
2021-04-05 17:00:00 50.476190 7.625899 17.082965
2021-04-04 17:00:00 25.418060 25.418060 17.661830
2021-04-03 17:00:00 15.251799 15.251799 18.385215
2021-04-02 17:00:00 23.304562 23.304562 18.386347
2021-04-01 17:00:00 22.924901 22.924901 18.676619
2021-03-31 17:00:00 21.121252 21.121252 19.040348

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-06 17:00:00 36.559140 7.852194 20.073305
2021-04-05 17:00:00 84.269663 84.269663 20.744095
2021-04-04 17:00:00 35.915493 35.915493 20.883642
2021-04-03 17:00:00 19.750000 19.750000 20.817477
2021-04-02 17:00:00 24.210526 24.210526 20.659119
2021-04-01 17:00:00 11.158798 11.158798 20.611933
2021-03-31 17:00:00 13.080169 13.080169 20.621878

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-06 17:00:00 24.889543 67.452135 34.043334
2021-04-05 17:00:00 32.336821 32.336821 32.655418
2021-04-04 17:00:00 32.262456 32.262456 32.277562
2021-04-03 17:00:00 26.626917 26.626917 31.825182
2021-04-02 17:00:00 18.752992 33.055585 31.401610
2021-04-01 17:00:00 32660.000000 30.963216 30.843018
2021-03-31 17:00:00 43.932499 43.932499 30.462901

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 11.959288 2.872861 13.662231
Basilicata 10.659898 3.602058 16.712299
Calabria 15.449011 15.449011 14.463202
Campania 19.715684 15.728716 15.643391
Emilia-Romagna 60.706063 43.465832 44.139750
Friuli Venezia Giulia 12.909836 2.323009 14.458772
Lazio 20.599595 5.843986 8.073625
Liguria 17.159763 42.998028 19.894055
Lombardia 36.406926 37.026389 35.718328
Marche 20.820189 2.298851 15.145073
Molise 0.000000 0.000000 4.794888
P.A. Bolzano 7.113821 7.113821 9.423971
P.A. Trento 13.265306 13.265306 40.355139
Piemonte 26.817753 10.580565 20.204905
Puglia 30.429212 114.990391 47.429804
Sardegna 8.437706 3.583427 8.575689
Sicilia 54.947368 54.947368 52.468161
Toscana 21.554437 15.845700 15.918597
Umbria 23.102310 9.628611 17.401166
Valle d'Aosta 36.559140 7.852194 20.073305
Veneto 24.889543 67.452135 34.043334

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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